La Selección Argentina venció 3-0 a Bolivia por las Eliminatorias Sudamericanas rumbo a la Copa del Mundo de Qatar 2022. En el equipo de Lionel Scaloni se dio el debut oficial de Juan Musso debido a la baja de Emiliano Martínez y la lesión de Franco Armani. "Me emociona ser compañero de Messi", confesó el ex Racing.

Cabe destacar que su primer llamado a la Selección Argentina fue en el 2013, para disputar el Sudamericano Sub 20, siendo el tercer arquero (detrás de Walter Benítez y Andrés Mehring), por lo que no disputó ni un minuto. 

Ya con Lionel Scaloni como entrenador, debutó en un amistoso en 2019 ante Marruecos (victoria por 1-0), se metió en la lista de la Copa América por una lesión de Esteban Andrada, y también en la Copa América de 2021: "Estoy feliz por el debut, pero lo más importante es haber conseguido un triunfo", admitió el arquero.